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如果您在苹果手机上收到短信并已经阅读了它，但是在短信应用上仍然显示未读，可能是因为以下几个原因。
1、短信应用缓存或同步问题：短信应用的缓存可能会导致显示状态不准确，您可以尝试关闭短信应用并重新打开，或者重新启动手机，看看问题是否得到解决，如果您的手机开启了iCloud同步，尝试在WiFi环境下重新同步短信，也可能解决这个问题。
2、未真正阅读：请确认您是否真的阅读了这条短信，我们可能会误以为自己已经阅读了短信，但实际上并没有。
3、系统错误：在某些情况下，这可能是系统错误导致的，您可以考虑备份手机数据并恢复出厂商设置（如果问题持续存在且无法自行解决的情况下）。
如果以上方法都无法解决问题，您可以考虑联系苹果的技术支持寻求帮助，他们可能会提供更具体的解决方案或建议。